Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VMP1Q96GC9 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VMP1Q96GC9 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VMP1Q96GC9 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VMP1Q96GC9 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VMP1Q96GC9 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VMP1Q96GC9 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20 ms