Protein–RNA interactions for Protein: Q86TS7

LINC00643, Putative UPF0730 protein encoded by LINC00643, humanhuman

Predictions only

Length 51 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00643Q86TS7 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
LINC00643Q86TS7 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LINC00643Q86TS7 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.9 ms