Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CHD3Q12873 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC21■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CHD3Q12873 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
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