Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
SHOX2O60902 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
SHOX2O60902 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SHOX2O60902 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SHOX2O60902 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms