Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 SHF-202ENST00000458022 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 AL391069.3-201ENST00000455503 618 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMD1Q9UGP4 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms