Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SETD1B-201ENST00000267197 5772 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 WASHC2C-202ENST00000359860 4471 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 CLPTM1-203ENST00000546079 2342 ntTSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 CPD-201ENST00000225719 9394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 MICALL1-201ENST00000215957 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 PRPF31-203ENST00000419967 2269 ntTSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 DISC1-209ENST00000439617 7059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 ETV4-211ENST00000591713 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 C2CD4A-201ENST00000355522 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 GDF5-201ENST00000374369 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 GPER1-202ENST00000397088 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 COL5A1-201ENST00000371817 8471 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 CHD4-210ENST00000544040 6514 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 LSS-205ENST00000457828 4390 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 SPOCK1-202ENST00000394945 4846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 AC068418.2-201ENST00000577309 3703 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 SAMD4A-204ENST00000554335 3003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 LZTS1-202ENST00000381569 5706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 ITPKB-201ENST00000272117 5822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 CUX1-213ENST00000549414 4452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 BMP7-201ENST00000395863 4013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC14.19□□□□□ -0.14
RPUSD4Q96CM3 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms