Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 GHRHR-205ENST00000409904 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM28Q13263 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
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