Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

Predictions only

Length 385 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SMARCB1Q12824 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms