Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 CBSL-202ENST00000617706 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 TRIM45-203ENST00000369464 3495 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.6 ms