Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ4

TRIM35, Tripartite motif-containing protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM35Q9UPQ4 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 OLFM2-203ENST00000590841 1665 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRIM35Q9UPQ4 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 AC005104.2-201ENST00000427818 678 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM35Q9UPQ4 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms