Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE4Q8N205 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms