Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 AC019103.1-201ENST00000503095 272 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 GSTZ1-207ENST00000553586 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 MRVI1-AS1-203ENST00000529979 784 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 AL022068.1-202ENST00000432171 794 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 AC002472.2-201ENST00000442739 958 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 AC010336.3-201ENST00000597156 667 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 DDX19B-207ENST00000563206 1765 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 CABP5-201ENST00000293255 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 PQLC2L-201ENST00000312275 1201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 AL391261.2-201ENST00000554907 773 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 RABEPK-201ENST00000259460 1313 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 FXYD6-209ENST00000530956 579 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 ELOF1-208ENST00000591912 899 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 FAM172A-206ENST00000509163 1369 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
SPTA1P02549 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms