Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 TIMM13-202ENST00000591871 631 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 GSAP-205ENST00000430584 600 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC110491.3-201ENST00000631985 460 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC23.64■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 METTL26-204ENST00000397665 558 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 COPE-202ENST00000349893 948 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 RNA5SP421-201ENST00000516864 134 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.8 ms