Protein–RNA interactions for Protein: Q4VC31

CCDC58, Coiled-coil domain-containing protein 58, humanhuman

Predictions only

Length 144 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC58Q4VC31 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 PGR-209ENST00000617858 2816 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 SATB2-202ENST00000417098 5730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 MYEOV-203ENST00000535407 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 FXN-201ENST00000377270 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 ABLIM2-201ENST00000341937 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 IKBIP-201ENST00000299157 3189 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 MAP2K7-202ENST00000397981 3430 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 ARHGAP26-202ENST00000378004 9200 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC58Q4VC31 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 COPS7B-206ENST00000410017 2051 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 AL021453.1-201ENST00000333487 2989 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 SLC1A6-208ENST00000598504 2987 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 WASF1-207ENST00000392589 3220 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 SCUBE2-207ENST00000520467 3148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 NETO2-202ENST00000562435 7481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 GLOD4-203ENST00000536578 2497 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 CYP4F11-203ENST00000402119 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 TSC2-222ENST00000568454 5434 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 LSP1-204ENST00000406638 2640 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 ADGRA1-AS1-202ENST00000444433 2646 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 AC074117.1-201ENST00000447070 3060 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 PSMD2-201ENST00000310118 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC58Q4VC31 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.4 ms