Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
MSX1P28360 TJP1-201ENST00000346128 7950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
MSX1P28360 TSPAN3-201ENST00000267970 6467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
MSX1P28360 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
MSX1P28360 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
MSX1P28360 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
MSX1P28360 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
MSX1P28360 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
MSX1P28360 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
MSX1P28360 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
MSX1P28360 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 ADAMTS7-201ENST00000388820 5490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 AC025259.3-201ENST00000564531 542 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 UNC13A-205ENST00000551649 6052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
MSX1P28360 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
MSX1P28360 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
MSX1P28360 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
MSX1P28360 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
MSX1P28360 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
MSX1P28360 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
MSX1P28360 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
MSX1P28360 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
MSX1P28360 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
MSX1P28360 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
MSX1P28360 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
MSX1P28360 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
MSX1P28360 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
MSX1P28360 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
MSX1P28360 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
MSX1P28360 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
MSX1P28360 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
MSX1P28360 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
MSX1P28360 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
MSX1P28360 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.9 ms