Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY12

SCAPER, S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum, humanhuman

Predictions only

Length 1,400 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCAPERQ9BY12 LINC02242-201ENST00000507298 641 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 DAD1-205ENST00000543337 501 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 LINC01336-202ENST00000506086 479 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 IFT20-202ENST00000357896 974 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 TRAPPC3-203ENST00000373163 951 ntTSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 TAF8-206ENST00000472818 719 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AP006333.1-201ENST00000543817 575 ntTSL 4 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AC110491.3-201ENST00000631985 460 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AL359644.1-202ENST00000637541 571 ntTSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 UGGT2-202ENST00000376714 1233 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AC025678.2-201ENST00000562061 970 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 OVCA2-201ENST00000572195 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 LCN8-205ENST00000612714 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 UGGT2-212ENST00000621375 1004 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 UGGT2-213ENST00000638479 1010 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SCAPERQ9BY12 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.3 ms