Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AL110118.2-203ENST00000557574 554 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.8■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC26.8■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC26.76■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
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