Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 KLC2-201ENST00000316924 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC15.21■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms