Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms