Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 TLCD2-201ENST00000330676 5971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 PPP3CA-203ENST00000394854 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 IGF2-205ENST00000416167 5585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 CNTNAP3-201ENST00000297668 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 AATK-201ENST00000326724 5257 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 BACE1-201ENST00000313005 6326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 DAPK1-202ENST00000408954 5892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms