Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.31□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 GALNT11-205ENST00000430044 2727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.31□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 SH3BP2-207ENST00000503393 9158 ntTSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 SLC10A3-204ENST00000393587 1862 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.31□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC14.31□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 CNTRL-208ENST00000373865 1917 ntTSL 5 BASIC14.31□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC14.31□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 NPHP3-201ENST00000337331 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC14.31□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 MCF2L2-201ENST00000328913 4980 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.31□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 HS6ST2-204ENST00000521489 2607 ntTSL 5 BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 PRKAR2B-201ENST00000265717 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 MAGED4-211ENST00000599522 2669 ntTSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 PCDHA6-203ENST00000529310 5374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 MEX3C-204ENST00000616921 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ARID4B-202ENST00000349213 5811 ntTSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 CBS-202ENST00000359624 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 CBSL-203ENST00000618024 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 MAPK14-201ENST00000229794 3779 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ZNF628-201ENST00000391718 3177 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 GTF3C4-201ENST00000372146 9043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 NKPD1-201ENST00000317951 4233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 PRRT4-201ENST00000446477 3544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 SLC22A11-203ENST00000377585 2124 ntTSL 2 BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 AC074117.1-201ENST00000447070 3060 ntTSL 2 BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.3□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 LRRN4-201ENST00000378858 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 AL162727.3-201ENST00000635661 2787 ntBASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 CROCC-201ENST00000375541 6656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 SYT6-201ENST00000369547 4369 ntTSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 SLC30A1-201ENST00000367001 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 EPB41L3-204ENST00000540638 3370 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 RDX-201ENST00000343115 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 SIK3-201ENST00000375300 6213 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 GNB4-201ENST00000232564 6434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 DGKZ-201ENST00000318201 3213 ntTSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32 ms