Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 SHF-202ENST00000458022 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 MRVI1-AS1-203ENST00000529979 784 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AC012617.1-203ENST00000590845 439 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 TIMM17B-208ENST00000495490 939 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 CYB561D1-209ENST00000533024 913 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 CIB3-201ENST00000269878 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 AL035633.1-201ENST00000406139 838 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 WDR53-203ENST00000429115 683 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL4A3Q01955 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms