Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 ADAMTS7-201ENST00000388820 5490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXA4Q00056 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.3 ms