Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL3A1P02461 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL3A1P02461 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms