Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE4Q8N205 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.7 ms