Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.8 ms