Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms