Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.88□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms