Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
USP53Q70EK8 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms