Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 PCSK5-205ENST00000545128 9538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 PDE1C-201ENST00000321453 2898 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 MAGED4-211ENST00000599522 2669 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 PCDHB19P-201ENST00000570871 2371 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 ELFN2-208ENST00000430883 1970 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 C2orf50-201ENST00000381585 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 CTPS2-201ENST00000359276 3629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 LYPD5-202ENST00000414615 2137 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 NAA30-204ENST00000556492 7644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 RIMS1-210ENST00000491071 5047 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 C12orf29-201ENST00000356891 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 FRMPD4-201ENST00000380682 8465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 WASHC2C-209ENST00000540872 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SCN1BQ07699 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.7 ms