Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 IFT20-202ENST00000357896 974 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AL139400.1-201ENST00000366220 510 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 CAMKMT-204ENST00000407131 652 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AC105339.1-201ENST00000440089 1362 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 PUDP-206ENST00000540122 825 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 TAF8-206ENST00000472818 719 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.5 ms