Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.9 ms