Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms