Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 ADORA1-209ENST00000640524 653 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AL391069.3-201ENST00000455503 618 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AC074135.2-201ENST00000600896 510 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.5 ms