Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 PDE1C-206ENST00000396193 5109 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS7-201ENST00000388820 5490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms