Protein–RNA interactions for Protein: O60663

LMX1B, LIM homeobox transcription factor 1-beta, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1BO60663 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
LMX1BO60663 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.1 ms