Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
ATG4BQ9Y4P1 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
ATG4BQ9Y4P1 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.5 ms