Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
CHMP4AQ9BY43 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHMP4AQ9BY43 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms