Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
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