Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
USP4Q13107 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
USP4Q13107 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
USP4Q13107 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
USP4Q13107 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
USP4Q13107 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
USP4Q13107 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
USP4Q13107 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43 ms