Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms