Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 GSTZ1-207ENST00000553586 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN9AQ15858 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
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