Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9F5

TRIM40, Tripartite motif-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM40Q6P9F5 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM40Q6P9F5 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM40Q6P9F5 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms