Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHD3Q12873 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHD3Q12873 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC21.28■■□□□ 1
CHD3Q12873 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHD3Q12873 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CHD3Q12873 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
CHD3Q12873 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHD3Q12873 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CHD3Q12873 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHD3Q12873 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHD3Q12873 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHD3Q12873 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHD3Q12873 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHD3Q12873 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CHD3Q12873 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHD3Q12873 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CHD3Q12873 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHD3Q12873 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
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