Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SDC3O75056 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SDC3O75056 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
SDC3O75056 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SDC3O75056 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SDC3O75056 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SDC3O75056 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SDC3O75056 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SDC3O75056 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SDC3O75056 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SDC3O75056 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SDC3O75056 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SDC3O75056 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SDC3O75056 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SDC3O75056 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SDC3O75056 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SDC3O75056 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SDC3O75056 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
SDC3O75056 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
SDC3O75056 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SDC3O75056 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SDC3O75056 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SDC3O75056 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SDC3O75056 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SDC3O75056 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SDC3O75056 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SDC3O75056 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SDC3O75056 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SDC3O75056 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SDC3O75056 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SDC3O75056 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SDC3O75056 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SDC3O75056 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SDC3O75056 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SDC3O75056 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SDC3O75056 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
SDC3O75056 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SDC3O75056 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SDC3O75056 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SDC3O75056 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SDC3O75056 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SDC3O75056 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SDC3O75056 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SDC3O75056 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SDC3O75056 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SDC3O75056 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SDC3O75056 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SDC3O75056 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SDC3O75056 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SDC3O75056 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SDC3O75056 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SDC3O75056 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SDC3O75056 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SDC3O75056 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SDC3O75056 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SDC3O75056 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SDC3O75056 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SDC3O75056 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SDC3O75056 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SDC3O75056 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SDC3O75056 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SDC3O75056 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
SDC3O75056 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SDC3O75056 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SDC3O75056 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SDC3O75056 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SDC3O75056 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SDC3O75056 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SDC3O75056 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SDC3O75056 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SDC3O75056 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SDC3O75056 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SDC3O75056 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SDC3O75056 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SDC3O75056 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
SDC3O75056 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SDC3O75056 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SDC3O75056 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SDC3O75056 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SDC3O75056 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SDC3O75056 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SDC3O75056 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
SDC3O75056 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
SDC3O75056 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SDC3O75056 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SDC3O75056 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SDC3O75056 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SDC3O75056 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SDC3O75056 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
SDC3O75056 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SDC3O75056 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
SDC3O75056 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SDC3O75056 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SDC3O75056 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SDC3O75056 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SDC3O75056 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SDC3O75056 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SDC3O75056 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SDC3O75056 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SDC3O75056 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.3 ms