Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.4 ms