Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
DKK3Q9UBP4 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms