Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 SLC8A3-202ENST00000356921 5250 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 AHSA2-202ENST00000394457 6574 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 UNC13A-206ENST00000552293 5314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.7 ms