Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 MON2-213ENST00000552738 5543 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SHANK3-201ENST00000262795 7091 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 USP45-201ENST00000327681 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 KIAA1217-206ENST00000376462 6123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AATK-201ENST00000326724 5257 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 FLJ16779-201ENST00000612722 7638 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 RAI1-207ENST00000640861 5172 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC54Q8NEL0 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms