Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AF228730.7-201ENST00000641842 219 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 90.2 ms